L'Azienda è composta da due ospedali.
Il più grande dei due è l'ospedale generale "Civico", dotato di un dipartimento di emergenza e di unità operative di diagnosi e cura di tutte le discipline specialistiche a basso, medio ed elevato livello di assistenza, nonché una di serie di strutture di terapia intensiva, con un numero complessivo di oltre 750 posti letto.
Il secondo è l'ospedale specializzato pediatrico "Di Cristina", sede del Dipartimento di Pediatria, dotato di un pronto soccorso e di 15 unità operative di diagnosi e cura.
Elenco degli ospedali: